東華大學圖書館 |

The Genus Romboutsia: Genomic and Functional Characterization of Novel Bacteria Dedicated to Life in the Intestinal Tract /

Record Type:	Electronic resources : Monograph/item
Title/Author:	The Genus Romboutsia: Genomic and Functional Characterization of Novel Bacteria Dedicated to Life in the Intestinal Tract // Jacoline Gerritsen.
Author:	Gerritsen, Jacoline,
Description:	1 electronic resource (281 pages)
Notes:	Source: Dissertations Abstracts International, Volume: 83-03, Section: B.
Contained By:	Dissertations Abstracts International83-03B.
Subject:	Microbiology. -
Online resource:	https://pqdd.sinica.edu.tw/twdaoapp/servlet/advanced?query=28230200
ISBN:	9798708784605

The Genus Romboutsia: Genomic and Functional Characterization of Novel Bacteria Dedicated to Life in the Intestinal Tract /
Gerritsen, Jacoline,

The Genus Romboutsia: Genomic and Functional Characterization of Novel Bacteria Dedicated to Life in the Intestinal Tract /Jacoline Gerritsen. - 1 electronic resource (281 pages)

Source: Dissertations Abstracts International, Volume: 83-03, Section: B.

Humans, like other mammals, are not single-species organisms, but they constitute in fact very complex ecosystems. The extensive network of host-microbe and microbe-microbe interactions is tremendously important for our health, and we are just starting to unravel the mechanisms by which microbes contribute to host health and disease.Especially the intestinal tract of both humans and mammals contains an enormous diversity of microbial species of which many still remain to be cultured and characterized. There are numerous diseases for which aberrations in composition and diversity of the intestinal microbiota have been reported. Probiotic microorganism defined as "live microorganisms that, when administered in adequate amounts, confer a health benefit on the host" have the potential to modulate the intestinal microbiota and thereby contribute to health and well-being. To this end, the relative abundance of a specific bacterial phylotype, named CRIB, was found to be associated with probiotic-induced changes in gut microbiota and decreased severity of pancreatitis and associated sepsis in an experimental rat model for acute pancreatitis studies. Later, a representative of this phylotype (strain CRIB) was isolated, and characterized using a polyphasic taxonomic approach. The taxonomy of several closely related members of the family Peptostreptococcaceae was revised in order to provide a valid systematic name to the isolate, for which Romboutsia ilealis was chosen. It was found that the majority of Romboutsia-associated 16S rRNA gene sequences have an intestinal origin, however, the specific roles that Romboutsia species play in the intestinal tract are largely unknown. To gain more insight in metabolic and functional capabilities of members of the genus Romboutsia, efforts towards the isolation of additional representatives were undertaken. This ultimately led to the isolation of a human small intestine-derived representative (strain FRIFI) of another novel Romboutsia species which was given the name R. hominis. Characterization of both novel species of intestinal origin, i.e. R. ilealis and R. hominis, belonging to the genus Romboutsia at the genomic and functional level provided first insights into the genetic diversity within the genus Romboutsia and their adaptation to a life in the (upper) intestinal tract. To this end, Romboutsia species are flexible anaerobes that are adapted to a nutrient-rich environment in which carbohydrates and exogenous sources of amino acids and vitamins are abundantly available.Microbiomic approaches such as those employed in this study can be used to pinpoint specific commensal microbes that might have a beneficial effect on the health of the host. In addition, the combination of genomic and functional analyses with single organisms and complex communities can be used to identify microbial functionalities that are related to health and disease, which in turn can be used to select potential probiotic strains based on specific functional properties. Ultimately, these approaches will lead to the characterization of (new) beneficial commensal microbes that exert health-promoting effects, with the ultimate possibility for them to be exploited as nextgeneration probiotics.

English

ISBN: 9798708784605Subjects--Topical Terms:

536250
Microbiology.

The Genus Romboutsia: Genomic and Functional Characterization of Novel Bacteria Dedicated to Life in the Intestinal Tract /
LDR:09906nmm a22004213i 4500 001 2432513
005 20250718090821.5
006 m o d
007 cr|nu||||||||
008 261011s2015 miu||||||m |||||||eng d
020 $a 9798708784605
035 $a (MiAaPQD)AAI28230200
035 $a (MiAaPQD)Wageningen482533
035 $a AAI28230200
040 $a MiAaPQD $b eng $c MiAaPQD $e rda
100 1 $a Gerritsen, Jacoline, $e author. $3 3821767
245 1 0 $a The Genus Romboutsia: Genomic and Functional Characterization of Novel Bacteria Dedicated to Life in the Intestinal Tract / $c Jacoline Gerritsen.
264 1 $a Ann Arbor : $b ProQuest Dissertations & Theses, $c 2015
300 $a 1 electronic resource (281 pages)
336 $a text $b txt $2 rdacontent
337 $a computer $b c $2 rdamedia
338 $a online resource $b cr $2 rdacarrier
500 $a Source: Dissertations Abstracts International, Volume: 83-03, Section: B.
500 $a Advisors: Smidt, H.; de Vos , W. M.; Rijker, G .T. Committee members: Feske, E. J.M.; Arts, I. C.W. ; Scott, K. ; Vaughan, E. E. .
502 $b Ph.D. $c Wageningen University and Research $d 2015.
520 $a Humans, like other mammals, are not single-species organisms, but they constitute in fact very complex ecosystems. The extensive network of host-microbe and microbe-microbe interactions is tremendously important for our health, and we are just starting to unravel the mechanisms by which microbes contribute to host health and disease.Especially the intestinal tract of both humans and mammals contains an enormous diversity of microbial species of which many still remain to be cultured and characterized. There are numerous diseases for which aberrations in composition and diversity of the intestinal microbiota have been reported. Probiotic microorganism defined as "live microorganisms that, when administered in adequate amounts, confer a health benefit on the host" have the potential to modulate the intestinal microbiota and thereby contribute to health and well-being. To this end, the relative abundance of a specific bacterial phylotype, named CRIB, was found to be associated with probiotic-induced changes in gut microbiota and decreased severity of pancreatitis and associated sepsis in an experimental rat model for acute pancreatitis studies. Later, a representative of this phylotype (strain CRIB) was isolated, and characterized using a polyphasic taxonomic approach. The taxonomy of several closely related members of the family Peptostreptococcaceae was revised in order to provide a valid systematic name to the isolate, for which Romboutsia ilealis was chosen. It was found that the majority of Romboutsia-associated 16S rRNA gene sequences have an intestinal origin, however, the specific roles that Romboutsia species play in the intestinal tract are largely unknown. To gain more insight in metabolic and functional capabilities of members of the genus Romboutsia, efforts towards the isolation of additional representatives were undertaken. This ultimately led to the isolation of a human small intestine-derived representative (strain FRIFI) of another novel Romboutsia species which was given the name R. hominis. Characterization of both novel species of intestinal origin, i.e. R. ilealis and R. hominis, belonging to the genus Romboutsia at the genomic and functional level provided first insights into the genetic diversity within the genus Romboutsia and their adaptation to a life in the (upper) intestinal tract. To this end, Romboutsia species are flexible anaerobes that are adapted to a nutrient-rich environment in which carbohydrates and exogenous sources of amino acids and vitamins are abundantly available.Microbiomic approaches such as those employed in this study can be used to pinpoint specific commensal microbes that might have a beneficial effect on the health of the host. In addition, the combination of genomic and functional analyses with single organisms and complex communities can be used to identify microbial functionalities that are related to health and disease, which in turn can be used to select potential probiotic strains based on specific functional properties. Ultimately, these approaches will lead to the characterization of (new) beneficial commensal microbes that exert health-promoting effects, with the ultimate possibility for them to be exploited as nextgeneration probiotics.
520 $a Op en in ons lichaam bevinden zich een grote hoeveelheid micro-organismen. Waarschijnlijk meer dan je jezelf voor kunt stellen. Er wordt zelfs geschat dat het menselijke lichaam 10 keer meer microbiele cellen bevat dan menselijke cellen. De meeste van deze micro-organismen zijn te vinden in het maag-darmkanaal. De aanwezigheid van deze grote hoeveelheid micro-organismen is in de meeste gevallen zeer gewenst en ze spelen een belangrijke rol in onze gezondheid. Zo leveren deze micro-organismen bijvoorbeeld een essentiele bijdrage aan onze stofwisseling, onder andere door de productie van energie en vitamines. Er zijn steeds meer aanwijzingen die de hypothese ondersteunen dat als er iets mis is met de samenstelling van de gemeenschap van microorganismes in onze darm (ook wel darmmicrobiota genoemd) dat direct dan wel indirect effect heeft op onze gezondheid. Maar ondanks het feit dat er met name de laatste jaren veel onderzoek wordt gedaan naar de micro-organismen die zich bevinden in de darm, zijn er nog steeds veel vragen en onduidelijkheden. Zo weten we bijvoorbeeld wel dat de samenstelling van de microbiota in en op ons lichaam verschilt per persoon en per anatomische locatie en dat het maag-darmkanaal van zowel mensen als dieren een enorme verscheidenheid aan soorten micro-organismen bevat, maar zo weten we nog niet precies welke micro-organismen er precies onder welke omstandigheden een positieve bijdrage leveren aan onze gezondheid. Het vergaren van meer kennis over de samenstelling van darmmicrobiota zal bijdragen aan het krijgen van meer inzicht in de rol van micro-organismen in gezondheid en ziekte. Dit alles staat beschreven in Hoofdstuk 1. In dit hoofdstuk staat ook beschreven welke technieken we tot onze beschikking hebben om individuele micro-organismen dan wel complexe gemeenschappen van meerdere soorten micro-organismen in detail te bestuderen. Een groot probleem hierbij is dat we van een groot deel van de micro-organismen tot op de dag van vandaag nog niet staat zijn ze te laten groeien onder experimentele condities. Dit maakt het erg lastig om onderzoek naar ze te doen. De enorme ontwikkelingen die er de laatste jaren zijn gemaakt op het gebied van met name moleculaire technieken hebben gezorgd voor een heel nieuw palet aan mogelijkheden om de samenstelling en de functionaliteit van de micro-organismen in ons maag-darmkanaal te bestuderen. Een groot aantal van deze technieken zijn toegepast in de experimenten beschreven in dit proefschrift.In Hoofdstuk 2 wordt er eerst nog een literatuuroverzicht gegeven van wat er op het moment van schrijven bekend was over de samenstelling van de darmmicrobiota, en welke technieken er op dat moment gebruikt werden om deze complexe microbiele gemeenschappen in de darm te besturen. Daarbij wordt er ook een overzicht gegeven van de ziektes/aandoeningen waarbij er een verandering in darmmicrobiota samenstelling gevonden is. Het gaat hierbij om aandoeningen als prikkelbare darm syndroom en inflammatoire darmziektes, maar ook om aandoeningen die op het eerste oog niks te maken lijken te hebben met het maag-darmkanaal zoals autisme, eczeem en reumatoide artritis. Verder wordt er in dit hoofdstuk ook ingegaan op de mogelijkheden die er zijn om de samenstelling van de darmmicrobiota te veranderen. Hierbij is er specifiek aandacht gegeven aan het gebruik van producten die probiotische micro-organismen bevatten, probiotica genaamd. Probiotische micro-organismen worden gedefinieerd als "Levende micro-organismen, die wanneer in voldoende hoeveelheden toegediend, een gezondheidsbevorderend effect hebben op de gastheer". Probiotica zijn potentieel in staat om de samenstelling van de microbiele gemeenschappen in de darm te beinvloeden en ze kunnen daarbij bijdragen aan gezondheid en welzijn. Maar er zal nog veel onderzoek gedaan moeten worden voordat we precies begrijpen hoe specifieke soorten van microorganismen bijdragen aan onze gezondheid.De daarna volgende hoofdstukken in dit proefschrift beschrijven de verschillende fasen van de reis die is afgelegd om de (gezondheidsbevorderende) eigenschappen van een specifieke bacteriesoort te bestuderen. Deze reis is begonnen met de ontdekking van een nieuwe bacteriesoort in de dunne darm van ratten en is uiteindelijk geeindigd met de diepgaande karakterisatie van een hele nieuwe bacteriele genus, Romboutsia genaamd.In Hoofdstuk 3 staat de studie beschreven die als doel had om meer inzicht te krijgen in de invloed van de darmmicrobiota op het proces van bacteriele translocatie gedurende acute pancreatitis. Hiervoor werd gebruik van een experimenteel rattenmodel voor acute pancreatitis en werd er een gedetailleerde analyse gemaakt van de microbiele gemeenschap in de verschillende delen van het maagdarmkanaal van deze ratten. Hierbij zagen we dat de aanwezigheid van een tot dan toe onbekende bacterie positief en significant gecorreleerd was met een verbeterde gezondheid van de ratten. Deze nieuwe bacteriesoort hebben we de werktitel 'CRIB' gegeven, wat staat voor 'commensal rat ileum bacterium'. Op basis van de. (Abstract shortened by ProQuest).
546 $a English
590 $a School code: 2157
650 4 $a Microbiology. $3 536250
650 4 $a Prokaryotes. $3 741052
650 4 $a Physiology. $3 518431
650 4 $a Biologists. $3 975387
650 4 $a Phylogenetics. $3 3561778
650 4 $a Carbohydrates. $3 522687
650 4 $a Bacteria. $3 550366
650 4 $a Fatty acids. $3 897910
650 4 $a Gram-positive bacteria. $3 662772
650 4 $a Genomes. $3 592593
650 4 $a Biology. $3 522710
650 4 $a Metabolism. $3 541349
650 4 $a Chromatography. $3 1073639
650 4 $a Lipids. $3 558980
650 4 $a Genomics. $3 600531
650 4 $a Mass spectrometry. $3 551172
650 4 $a Large intestine. $3 3821768
650 4 $a Colon. $3 3560379
650 4 $a Taxonomy. $3 3556303
650 4 $a Metabolites. $3 683644
650 4 $a Proteomics. $3 600542
690 $a 0306
690 $a 0410
690 $a 0719
710 2 $a Wageningen University and Research. $e degree granting institution. $3 3815267
720 1 $a Smidt, H. $e degree supervisor.
720 1 $a de Vos , W. M. $e degree supervisor.
720 1 $a Rijker, G .T. $e degree supervisor.
773 0 $t Dissertations Abstracts International $g 83-03B.
790 $a 2157
791 $a Ph.D.
792 $a 2015
856 4 0 $u https://pqdd.sinica.edu.tw/twdaoapp/servlet/advanced?query=28230200